1912年，张謇和张詧创办私立南通医学专门学校，此为清末民初实业家教育救国、实业救国创办高等医学教育的杰出代表，是张謇“父教育而母实业”救国方略的实践硕果。张謇于1914年提出“祈通中西以宏慈善”中西医结合的主张，沿用至今。

风云际会，岁月更迭，张謇创办的私立南通医学专门学校，历经北伐战争、抗日战争、解放战争、新中国建立；先后更名为私立南通医科大学（1927）、私立南通大学医科（1928）、私立南通学院医科（1930）、国立江苏医学院（1938年与江苏省立医政学院合并）、私立南通学院医科（1946年复校重建）；1949-1957年又历经全国性院系调整，先后易名为苏北医学院（1952）、南通医学院（1956）。虽屡经颠簸，辗转办学，但始终不弃张謇办学之初衷，为社会培养有用之才。

1957年，国家高等教育部和卫生部，从医学院建设和发展布局的需要出发，将南通医学院整体搬迁至苏州，更名为我院。1962年底，经国务院批准，划归第二机械工业部（后改为核工业部、核工业总公司），我院经过几代人的努力，成为享誉国内外的以核医学和放射医学、核技术和生物技术为特色的医工结合、文理相通的综合性医学院校，是国务院首批可以授予博士、硕士、学士三级学院的院校之一，是国家首批批准在职攻读硕士学位和临床医学专业硕士学位授予单位。1957年至2000年，共培养全日制本专科生12214名，研究生1502名，成教学生上万名。1999年归属江苏省，2000年4月并入苏州大学。

附属医院始于1883年创建的博习医院。

        生命科学教育可追溯至创建于1900年的东吴大学生物学系、创建于1903年的上海女子桑业学院以及我院，上海女子桑业学院于1912年迁至苏州浒墅关，1958年更名为苏州蚕桑专科学校，1995年并入苏州大学。

        2008年1月，苏州大学整合医学、生命科学等相关学科，组成苏州大学医学部，苏州大学医学部是苏州大学医学和生命科学教育管理的实体单位。

        2021年7月7日，江苏省教育厅、江苏省卫生健康委员会、苏州市人民政府、苏州大学四方签约共建我院及附属医院。